25 czerwca 1976 roku ks. Kotlarz znalazł się w centrum Radomia podczas robotniczej demonstracji. Ze schodów kościoła Świętej Trójcy pobłogosławił manifestantów znakiem krzyża, wypowiadając słowa modlitwy o „chleb powszedni” dla swoich dzieci.
W kolejnych dniach, mimo narastającego niepokoju, w kazaniach w Pelagowie otwarcie stanął po stronie protestujących, mówiąc: „Lud robotniczy miał słuszne prawa i słusznie postąpił (…) ja z wami”. Służba Bezpieczeństwa zarejestrowała te wypowiedzi na taśmie magnetofonowej, co stało się bezpośrednim pretekstem do uruchomienia oficjalnych i nieoficjalnych represji.
12 lipca 1976 roku do Pelagowa przyjechała wiśniowa „Wołga”. Ksiądz otrzymał wezwanie na rozmowę. Spotkanie odbyło się wieczorem w budynku Sądu Wojewódzkiego w Radomiu i prowadził je prokurator dr Zbigniew Młynarczyk, specjalnie sprowadzony z Warszawy.
Podczas rozmowy odtwarzano mu nagrania jego kazań, zarzucając „żerowanie na uczuciach wierzących” i pochwalanie „zbrodni”. Na koniec ks. Kotlarz wyszedł z przekonaniem, że otrzymał „5 lat w zawieszeniu”, choć sam nie wiedział, za co dokładnie. Spotkanie wywołało u niego głęboki wstrząs psychiczny. Kilka dni później zaczął pluć krwią i skarżyć się na silne bóle.
Równolegle z działaniami prokuratury ruszył brutalny, bezpośredni terror. Na plebanię w Pelagowie regularnie przyjeżdżali „nieznani sprawcy” – najczęściej trzej mężczyźni czarną „Wołgą”. Podawali się za „kolegów Romana”. Po wejściu do środka gasili światło i brutalnie bili kapłana, najprawdopodobniej gumowymi pałkami.
Świadkowie, w tym gospodyni i bratanek księdza, widzieli na jego plecach czarne i sine pręgi w okolicach nerek oraz zasinienia w okolicach narządów płciowych. Ksiądz stawał się coraz bardziej roztrzęsiony, miewał halucynacje i stany odrętwienia. Godzinami leżał i jęczał: „O Jezu, o Jezu!”.
Podczas jednej z wizyt bratanek zastał go leżącego na łóżku polowym. Na jego widok wuj krzyknął z przerażeniem: „Mamo ratuj! Przyszedłeś mnie bić?!”.
Kluczowe znaczenie miał dokument z rozmowy prokuratora Młynarczyka z ks. Kotlarzem. Notatka służbowa została zadekretowana: „Tow. płk Z. Płatek przesyłam z prośbą o zapoznanie się. Dyrektora gen. K. Straszewskiego informowałem.”
Zenon Płatek, szef osławionej Samodzielnej Grupy „D” Departamentu IV MSW, osobiście wszedł w sprawę. Od tego momentu los duszpasterza z Pelagowa był w praktyce przesądzony.
15 sierpnia 1976 roku, w uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, ks. Roman zasłabł podczas Mszy św. ze słowami „Matko, ratuj!”. Przewieziono go do szpitala w Krychnowicach, gdzie zmarł 18 sierpnia 1976 roku.
Po śmierci księdza represje nie ustały, tylko przybrały nową, szerszą formę. Jesienią 1976 roku Służba Bezpieczeństwa uruchomiła jedną z największych operacji w regionie – sprawę operacyjnego rozpracowania o kryptonimie „Maniacy” (pierwotnie „Życzliwi”). Plan operacji zatwierdzono 22 listopada 1976 roku, a trwała ona aż do lipca 1979 roku.
Głównym celem operacji było wykorzystanie śmierci ks. Kotlarza do uderzenia w dopiero rodzący się Komitet Obrony Robotników. Bezpieka chciała zdyskredytować KOR, udowadniając, że informacje o pobiciu i zamordowaniu księdza są kłamstwem, wywołać rozłamy wewnątrz opozycji, odizolować ją od Kościoła oraz zastraszyć świadków i wyciszyć sprawę w społeczeństwie.
W ramach operacji drukowano fałszywe komunikaty KOR, inspirowano listy do prymasa Wyszyńskiego i ks. Jana Ziei rzekomo od „robotników z Radomia”, wysyłano „delegacje robotnicze” naciskające na członków KOR oraz stosowano nękanie operacyjne.
Operacja „Maniacy” pokazuje pełny mechanizm działania komunistycznego aparatu represji wobec niewygodnego kapłana. Najpierw fizyczne osaczenie i zabicie, a potem cyniczne wykorzystanie jego śmierci do walki z rodzącą się opozycją. Dla systemu ks. Roman Kotlarz pozostał „niebezpiecznym fanatykiem”. Dla robotników i późniejszej „Solidarności” – kapłanem, który zapłacił najwyższą cenę za wierność Ewangelii i solidarność z cierpiącymi.
